Tesis Doctorado en Ciencias en Ecología y Desarrollo Sustentable El Colegio de la Frontera Sur 2025

Incluye bibliografía

Abstract.. Resumen.. Palabras clave.. Capitulo I. Introducción.. Capítulo II. Comunidades microbianas en la fermentación del Mezcal y enfoques ómicos.. Unveiling the Microbial Ecology Behind Mezcal: A Spirit Drink with a Growing Global Demand.. Capitulo III. Diversidad microbiana y predicción funcional de comunidades ambientales y fermentadoras del proceso de producción del Mezcal.. Native bacteria and yeasts are key components of the microbiome formation in spontaneous fermentation: their role in shaping the sensory profile of Mezcal.. Capítulo IV Conclusión general.. Literatura citada

La producción de mezcal a partir de la fermentación de azúcares de Agave es una de las industrias de mayor crecimiento en México. La producción de Mezcal se lleva a cabo mediante fermentación espontánea, apoyándose en microorganismos indígenas seleccinados y "domesticados" empíricamente. Dichos organismos están presentes en cada región, lo que resulta en un proceso etanogénico eficiente debido a la diversidad genética. Además, producen metabolitos que resultan en propiedades organolépticas especializadas. Un aspecto pendiente a entender sobre el microbioma fermentador autóctono es inferir el posible origen y papel regulatorio en el proceso de producción artesanal de Mezcal, desde los reservorios ambientales hasta su conformación, interacción y progresión en el perfil sensorial. Revisamos los resultados publicados sobre el análisis de comunidades de fermentación utilizando técnicas sin cultivo para comprender la relevancia de las herramientas de secuenciación de alto rendimiento para caracterizar estas comunidades. En este trabajo se analizó el proceso de producción de Mezcal en cuatro fábricas de producción artesanal en Oaxaca y Michoacán. Se determinó la diversidad y abundancia de unidades taxonómicas operativas (OTUs) y de las distintas categorías funcionales del microbioma asociado al Mezcal, tanto en muestras de la microbiota presente en la fermentación, como en el ambiente de las fábricas correspondientes y hasta el producto terminado, empleando datos de genómica profunda, de evaluación sensorial de lotes de Mezcal, y metadatos provenientes de cuatro lotes puntuales provenientes de fábricas distintas, con el fin de establecer el aporte ambiental y posible origen de los filotipos más relevantes. Además, se aborda el trabajo pendiente en la producción de Mezcal con otras herramientas ómicas y cómo estas han aportado datos cruciales para otras industrias alimentarias. Español

Mezcal production from the fermentation of Agave sugars is one of the fastest-growing industries in Mexico. Mezcal production is carried out through spontaneous fermentation, relying on indigen micganim eleced and dmeicaed emiicall. Such organisms are present in each region, resulting in an efficient ethanogenic process due to genetic diversity. They also produce metabolites that result in special organoleptic properties. One pending aspect of understanding the indigenous fermentation microbiome is inferring its possible origin and regulatory role in the artisanal Mezcal production process, from environmental reservoirs to its conformation, interaction, and progression in the sensory profile. We review published results of the analysis of fermentation communities using culture-free techniques to understand the relevance of high-throughput sequencing tools and to characterize these communities, both at the level of diversity and abundance, as well as at the level of ecological interactions. This work analyzed the Mezcal production process in four artisanal production factories in Oaxaca and Michoacan. The diversity and abundance of operational taxonomic units (OTUs) and the different functional categories of the microbiome associated with Mezcal were determined, both in samples of the microbiota present in the fermentation, as well as in the environment of the corresponding factories and even in the finished product, using deep genomic data, sensory evaluation of Mezcal batches, and metadata from four specific batches from different factories, to establish the environmental contribution and possible origin of the most relevant phylotypes. In addition, the pending work in Mezcal production with other omics tools is addressed, and how these have provided crucial data for other food industries. Inglés

Biotecnología integrativa