Diversidad molecular de arañas del género Phonotimpus Gertsch & Davis, 1940 (Araneae, Phrurolithidae) del volcán Tacaná, Chiapas: genes y transcritos / Jonathan David Baza Moreno

Tesis Maestría en Ciencias en Recursos Naturales y Desarrollo Rural El Colegio de la Frontera Sur 2022

Incluye bibliografía

Resumen.. I. Introducción.. II. Antecedentes.. 2.1. Arañas y sus estrategias de depredación.. 2.2. Familia Phrurolithidae.. 2.3. Phonotimpus pennimani y Phonotimpus talquian.. 2.4. Estudios enfocados en transcriptoma y componentes del veneno de arañas errantes y arañas pertenecientes al clado Dionycha.. III. Justificación.. IV. Pregunta de investigación.. V. Hipótesis.. VI. Objetivos.. 6.1. Objetivo general.. 6.2. Objetivos específicos.. VII. Métodos.. 7.1. Sitio de colecta de material biológico.. 7.2. Identificación y filogenia molecular utilizando el marcador coxI.. 7.2.1. Extracción de ADN.. 7.2.2. Extracción de ARN.. 7.2.3. Construcción de bibliotecas de ácido desoxirribonucleico complementario.. 7.2.4. Obtención del coxI.. 7.2.5. Amplificación de fragmentos correspondientes a toxinas o toxin-like-peptides.. 7.3. Generación de transcriptoma y análisis de la expresión.. 7.3.1. Transcriptoma vía secuenciación masiva.. 7.3.2. Expresión diferencial de la toxin-like PpenTox1.. 7.4. Análisis bioinformáticos.. VIII. Resultados.. 8.1. Identificación y colecta de ejemplares de Phonotimpus.. 8.2. Extracción de ADN.. 8.3. Extracción de ARN.. 8.4. Amplificación del marcador mitocondrial coxI.. 8.6. Generación de ADNc y búsqueda específica de secuencias que codifican toxinas.. 8.7. Validación de la expresión diferencial de genes expresados en Phonotimpus vía RT-qPCR.. IX. Discusión.. X. Conclusiones.. XI. Literatura citada.. XII. Anexos.. 12.1. Permisos de colecta de ejemplares.. 12.2. Tablas suplementarias.. 12.3. Diseño de oligonucleótidos.. 12.4. Artículo científico

Las arañas son organismos con órganos especializados para la síntesis de veneno, lo emplean para la caza de presas y defensa contra depredadores. La mayoría de los estudios sobre diversidad molecular de venenos de araña se han realizado en especies de interés biomédico. Sin embargo, para especies sin importancia médica como las del género Phonotimpus, no existen estudios. Las arañas del género Phonotimpus son habitantes del suelo, donde depredan y regulan las poblaciones de sus presas, siendo la mayoría artrópodos involucrados en el reciclaje de materia orgánica. El objetivo de este estudio fue analizar la diversidad molecular enfocado a componentes del veneno de Phonotimpus pennimani y Phonotimpus talquian Chamé-Vázquez, Ibarra-Núñez & Jiménez, 2018, ambas especies habitantes del volcán Tacaná, Chiapas. Para explorar la diversidad molecular relacionada a los componentes del veneno se realizó la extracción de ácidos nucleicos, Reacción en Cadena de la Polimerasa, construcción de bibliotecas de ADNc, secuenciación por el método Sanger y secuenciación masiva. Se obtuvo la secuencia parcial del marcador mitocondrial COI (gen coxI) de P. pennimani con la finalidad de validar la relación de parentesco con otras especies de la familia Phrurolithidae. Los resultados obtenidos del análisis de secuencia coxI mostraron similitud genómica con especies de Phrurolithidae. Posteriormente, se generó un transcriptoma de P. pennimani y se obtuvieron diversas secuencias que corresponden a proteínas y péptidos de arácnidos. El transcriptoma de P. pennimani nos permitió encontrar transcritos relacionados a componentes del veneno reportados para especies de las familias Ctenidae y Lycosidae. La expresión de los transcritos se validó mediante RT-qPCR utilizando la secuencia identificada de una Toxin-like (PpenTx1) y dos genes de expresión constitutiva. Se obtuvo la secuencia parcial de PpenTx1 a partir del ADN de Phonotimpus. Nuestros resultados permitieron la identificación de nuevos genes y transcritos que codifican componentes de venenos de P. pennimani. spa

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