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El presente trabajo tuvo como objetivo determinar la distribución espacial y temporal del microfitoplancton, colectado durante el periodo de 1997 a 2002 en las lagunas costeras Chantuto-Panzacola (CH-P) y Carretas-Pereyra (C-P), Chiapas, en las dos épocas climáticas características de la región (secas y lluvias), así como las variables que determinan esta distribución. Se identificaron un total de 199 taxa en el sistema CH-P y 125 en C-P, en ambos sistemas más del 60% estuvo representado por las diatomeas, seguidas en orden de importancia por los dinoflagelados, clorofitas, cianofitas, euglenofitas y por último de los silicoflagelados. El análisis de similitud entre estaciones, basado en la presencia/ausencia de las especies, dio como resultado la discriminación de dos zonas análogas para cada sistema relacionadas con el gradiente ambiental generado por las variables físico-químicas de salinidad y nutrientes y determinado mediante un Análisis de Componentes Principales (ACP); estas variables explican más del 70% de la varianza y permiten la diferenciación de dos grupos de comunidades: durante la época de secas se observó la dominancia de grupos fitoplanctónicos alóctonos como diatomeas y dinoflagelados, distribuidos principalmente en el zona de mayor influencia mareal; en la temporada de lluvias la comunidad estuvo integrada por grupos dulceacuícolas (clorofitas, cianofitas y euglenofitas), así como de diatomeas con afinidades salobres (Surirella spp.).