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El objetivo de este trabajo fue el de evaluar en diferentes meses las principales variables ambientales, así como la biomasa y productividad primaria fitoplanctónica en dos lagunas costeras del estado de Chiapas, así como determinar sus posibles diferencias entre las dos épocas climáticas características de la región. El estudio abarcó varios ciclos anuales (1990-1991; 1997-2003). Los resultados muestran que las descargas de los principales ríos que desembocan en las lagunas determinan el establecimiento en las lagunas de características ambientales distintas para las dos principales épocas climáticas, secas y lluvias. Durante secas, la disminución de la precipitación y como consecuencia la baja influencia fluvial, aunada al intercambio mareal, genera en la laguna altas temperaturas y salinidades, así como concentraciones elevadas de nutrientes, que favorecen una alta biomasa y productividad primaria fitoplanctónica. En el caso de la época de lluvias, el alto aporte fluvial disminuye la salinidad e introduce nutrientes al sistema que son utilizados por el fitoplancton, favoreciendo también altas biomasas y productividades; sin embargo, debido al bajo tiempo de residencia, muchos de estos materiales son acarreados fuera del sistema hacia la zona costera adyacente.