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Se evaluaron los niveles de diversidad genética del ratón Peromyscus mexicanus y de ocho especies de quirópteros, en cinco localidades de la Reserva de la Biósfera Selva El Ocote (REBISO). Nuestro objetivo fue conocer y determinar los patrones de diversidad genética intraespecífica en P. mexicanus, e interespecífica en murciélagos, con base en la región control del ADN mitocondrial (D-loop). Los resultados obtenidos en P. mexicanus identificaron a El Encajonado como la localidad con menor diversidad genética (π = 0.01), mientras que en Nuevo San Juan Chamula se registró el valor mayor (π = 0.03). Asimismo, se encontró flujo genético reducido y alta diferenciación genética entre las localidades de P. mexicanus. En cuanto a quirópteros, Dermanura tolteca fue la especie con la menor diversidad genética (π = 0.01), y Sturnira hondurensis (π = 0.07) con la mayor. Nuevo San Juan Chamula y San Joaquín presentaron los menores niveles de diversidad genética (π = 0.03). Artibeus jamaicensis y Desmodus rotundus mostraron evidencia de expansión poblacional. La baja diversidad genética encontrada en P. mexicanus muestra una alta vulnerabilidad a los cambios ambientales y climáticos, contrariamente el grupo de murciélagos de la REBISO mantiene alta diversidad genética, lo cual permite responder positivamente a los cambios actuales, entre ellos el cambio climático global. Español