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La distribución de la diversidad genética y su relación con la diversidad de especies puede ayudar a conocer el potencial evolutivo de un ecosistema, así como los riesgos que enfrentan las especies ante cambios ambientales. En este estudio se exploró la distribución de la diversidad genética, las relaciones genéticas de 17 especies arbóreas, y su asociación con la riqueza de especies de árboles en cinco localidades de la Reserva de la Biósfera Selva El Ocote (REBISO). Se obtuvo una estimación de la variación genética (π) de la región del ADN nuclear ribosomal ITS 1-2 e ITS 3-4 y se determinó su correlación con índices de diversidad del sitio. El ADN se extrajo de hojas o de cambium de corteza de cinco a 26 individuos por especie. Maytenus purpusii fue la especie con menor diversidad genética (π = 0.025) y Guarea glabra (π = 0.40) la de mayor. Se identificó a Acacia centralis como el linaje con menor número de sustituciones nucleotídicas (especie secundaria y adaptada a disturbio humano), junto con Bursera simaruba y Protium copal. Se detectó una relación positiva entre la diversidad genética y la diversidad de especies arbóreas. La diversidad genética encontrada fue de baja a moderada y distribuida heterogéneamente entre las localidades. Estas interpretaciones significan en conjunto que las especies de árboles de la REBISO tienen potencial adaptativo al cambio climático, si este es gradual y en ausencia de procesos de deforestación por actividades humanas. Español